バイオインフォマティクスにおけるRNAiに関する技術は、RNA干渉のメカニズムを解析し応用するための一連の手法やツールを指す。これらの技術群には、small hairpin RNA（shRNA）やmicroRNA（miRNA）を用いた遺伝子発現の調節技術、ガイドRNA（gRNA）を利用したCRISPR-Casシステムとの連携技術、さらに、それらのRNA分子の設計や修飾技術が含まれる。具体的には、RNA分子にフルオロピリミジンヌクレオチドやホスホロチオエート修飾を施し、安定性や特異性を向上させる技術、アンチセンス鎖やシード配列の最適化による標的認識精度の向上も重要である。また、siRNAやshRNAのペイロードを持つウイルスベクター、例えばAAVやrAAVを利用した送達系技術や、これに関連するキャップ構造やITR配列の制御技術も含まれる。これらの技術は、免疫細胞や筋細胞などの特定の宿主細胞における遺伝子発現操作や抗原受容体の調節、さらに、mRNAのリボヌクレオチド配列の解読といった解析技術と連携して用いられるため、RNAi技術の開発にはリボヌクレオチド構造の理解や修飾の工夫が不可欠である。結果として、RNAiに関するこれらの技術群は遺伝子治療やトランスジェニック植物の作出、さらには感染メカニズムの解明など、多岐にわたるバイオインフォマティクス研究分野に活用される。
