バイオインフォマティクスにおける発酵に関する技術は、主に遺伝子や核酸の解析を中心に、生物の発酵能力向上や発酵産物の最適化を目的とする技術群で構成される。これには、ｍｒｎａやｄｎａ配列のコード情報を解析し、プロモーター領域や変異の特定によって組換えや形質転換技術の設計を支援する技術が含まれる。さらに、菌株の特性解析や乳酸菌などのスターター培養の最適化、菌体の生産パフォーマンスに関するバイオマスやガス発生速度の解析も対象となる。発酵に使われる酵母や麹菌、ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓなどの菌種の遺伝情報や発酵過程のデータを解析し、酒類や醤油、味噌、パン発酵の品質管理と効率化に活用される。メタンやエタノールなどの発酵産物の生産効率改善、植物由来資源や藻類を材料としたバイオリアクターでの従属栄養微生物の制御も含まれる。脂質やｐｕｆａ、ｅｐａ、ｄｈａなどの脂肪酸の合成経路や代謝酵素のｃｏａ依存活性の解析も技術範囲に含まれる。これらを統合することで、発酵乳やヨーグルト、納豆の製造における発酵プロセスの効率化や製品の品質向上を実現している。
