機能性飲食料における微生物に関する技術は、主に乳酸菌やプロバイオティクスといった菌株の選定、培養、発酵技術を中心に構成される。これらの微生物はヨーグルトや発酵乳などの発酵食品で利用され、生存性やｃｆｕ値の管理を行い、摂取による炎症の抑制や治療・予防効果を発揮することが期待されている。組換え技術により、特定の酵素やポリペプチド、アミノ酸配列を持つ株の作製も進み、宿主やベクターを利用してｄｎａコードの導入を行い、機能性成分の増強を目指す。加えて、麹菌などの発酵微生物を利用し、酪酸やＧＡＢＡ、グルタミン酸などの生物活性物質を生成し、原材料のバイオマス変換やフレーバー改良にも寄与する。乳清などの副産物利用や、安定剤、保護技術を取り入れた貯蔵法も重要である。さらに、嫌気条件や水分活性の調整により菌株の活性維持や生存性向上が図られ、健康機能性を高めた機能性飲食料の開発に貢献している。
