バイオインフォマティクスにおけるプロテインに関する技術は、タンパク質の構造や機能解析、配列情報の解析、タンパク質工学、データベースの活用など多岐にわたる。シーケンシング技術を用いてアミノ酸配列を解析し、変異や置換の影響を予測することが可能だ。免疫グロブリンやｉｇｇといった抗原特異性の高いタンパク質の解析では、エピトープの同定やｆｖｉｉｉなどの血液凝固因子の構造解析が行われる。さらに、ｃｒｉｓｐｒやａａｖなどの遺伝子導入技術と組み合わせて、目的のタンパク質の異種発現や変異導入を促進する技術も含まれる。アミノアシル化シンテターゼやｔｒｎａの役割解析によってタンパク質合成機構を理解し、直交抑圧系を利用した非天然アミノ酸の導入など高度なプロテインエンジニアリング技術も取り入れられている。加えて、タンパク質の分離・精製にはアフィニティークロマトグラフィーが用いられ、ｓｌｔやｇｌｃｎａｃのような修飾解析も進んでいる。フローサイトメトリなどの細胞解析技術により、エフェクターとしてのタンパク質機能や毒素の細胞毒性評価も行われている。これらの技術群を駆使し、標的タンパク質の特性解明や医療応用が推進されている。
