バイオインフォマティクスにおける菌株に関する技術は、菌株の遺伝子情報解析や機能予測を中心に展開される。核酸やタンパク質の配列データを用いて、菌株の遺伝的多様性や変異を特定し、組換え技術による特定の遺伝子断片の増幅や挿入を解析する。プロモーターやベクター、宿主との相互作用を解析することで、組換え乳酸菌や酵母など食品発酵菌の機能強化や生産性向上を図る。また、菌株由来の有機酸や脂肪酸の合成シンターゼ遺伝子の解析を通じて、発酵過程の効率化やバイオマスの分解に関与するセルラーゼやグルコシダーゼなどの酵素活性を調べる。さらに、土壌や植物病害防除における病菌や胞子の遺伝子情報の分析により、防除効果の検証と農薬散布の最適化を支援する技術も含まれる。こうした技術群は、核酸配列データの増幅と解析、タンパク質の機能評価、組換え菌株設計および発酵プロセスの最適化を包括する。
