機能性飲食料における発酵に関する技術は、微生物の活性を利用して原料の成分を変換・生成し、機能性を付与する技術群で構成される。具体的には、乳酸菌を用いた乳酸発酵技術があり、乳酸菌の菌株選定やスターター培養を通じてヨーグルトや発酵乳の酸味やｐ－を調整し、プロバイオティクス効果を高める。豆乳発酵においても同様にｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓなどの菌株を用いて味噌や醤油といった麹菌（ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）が関与する発酵技術と組み合わせ、熟成による味や栄養価の向上を図る。発酵過程には蒸煮や仕込み、製麹といった工程が含まれ、酢酸発酵ではａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒにより食酢や酢が生成される。ビール醸造における麦芽の糖化やホップの添加、煮沸などの工程もまた発酵技術の一部であり、ビールテイストや発泡などの特性を制御する。さらに、納豆に代表されるｓｕｂｔｉｌｉｓによる糸引き発酵やナットウキナーゼの生成も機能性向上につながる。これらの技術は微生物の遺伝子情報（ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓのｄｎａやプロモーター、ポリヌクレオチドの配列）に基づく菌株改良や活性調整も含み、健康機能性や味・安定性のバランスを追求している。
